Berdasarkan Pasal 5 Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 11 Tahun 2022 Tentang Perubahan Atas Peraturan Menteri Agama Nomor 15 Tahun 2021 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Pendidikan dan Pelatihan Keagamaan, maka Struktur Organisasi Balai Diklat Keagamaan Palembang adalah sebagai berikut:

a. Kepala;

b. Subbagian Tata Usaha; bertugas melakukan penyusunan rencana dan program, urusan keuangan dan barang milik negara, kepegawaian dan tata laksana, pengelolaan perpustakaan, informasi kediklatan dan kerumahtanggaan, serta pelaporan pada Balai Diklat Keagamaan

c. Kelompok Jabatan Fungsional; terdiri dari berbagai tenaga fungsional yang dikoordinasikan oleh seorang tenaga fungsional yang ditetapkan oleh Kepala Balai Diklat Keagamaan. Kenis, kebutuhan, beban kerja dan jenjang jabatan fungsional ditentukan berdasarkan peraturan perindang-undangan yang berlaku