Tahun 1946

Balai Pendidikan dan Pelatihan Keagamaan telah meretas perjalanan sejarah yang panjang. Munculnya terminologi organisasi Pendidikan dan Latihan Pegawai pada periode awal didasarkan pada Keputusan Menteri Agama Nomor 1185/KI tanggal 20 Februari 1946, walaupun tidak secara eksplisit menyebutnya dengan organisasi Pendidikan dan Latihan Pegawai. Kemunculannya tidak berselang lama dengan awal lahirnya Kementerian Agama pada tanggal 3 Januari 1946 yang diumumkan oleh Pemerintah Negara RI di Yogyakarta.

Susunan organisasi Kementerian Agama yang dibentuk berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 1185/KI tanggal 20 Februari 1946 terdiri dari 8 bagian yakni : Bagian A (Sekretariat), Bagian B (Kepenghuluan), Bagian C (Pendidikan Agama), Bagian D (Penerangan Agama), Bagian EI (Masehi Kristen), Bagian EIII (Masehi Katolik), Bagian F (Kepegawaian) dan Bagian G (Keuangan).

Dari 8 bagian tersebut di atas, Pendidikan dan Latihan Pegawai melekat pada tugas Bagian F yakni Pegawai. Pada periode ini, belum ada penjabaran yang eksplisit terkait dengan fungsi dan tugas Pendidikan dan Latihan Pegawai sekalipun telah diterbitkan KMA Nomor 9 tahun 1952 sebagai penyempurna KMA Nomor 33 tahun 1949. Karena itu, tugas dan fungsinya masih built in dengan tugas urusan pegawai. 

Tahun 1963

Perkembangan selanjutnya, pada tahun 1963 secara defenitif berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 47 tahun 1963 struktur organisasi Pendidikan dan Latihan Pegawai dan tugasnya dicantumkan dalam cakupan tugas dan fungsi Biro Kepegawaian. Walaupun Nomenklatur Bagian Pendidikan dan Latihan Pegawai telah dicantumkan pada struktur Biro Kepegawaian akan tetapi tugasnya masih integral dalam tugas Biro Kepegawaian.

Tahun 1967

Kejelasan tugas Bagian Pendidikan dan Latihan secara eksplisit ada setelah diterbitkannya Keputusan Menteri Agama Nomor 56 tahun 1967 dengan dipindahkannya Bagian Pendidikan dan Latihan dari Biro Kepegawaian ke Biro Penelitian dan Analisa. Dalam KMA No 56 tahun 1967 ini dijelaskan tugas Biro Penelitian dan Analisa sebagai berikut :

  1. Merencanakan dan melaksanakan pendidikan khusus untuk meningkatkan kemahiran teknis pegawai-pegawai Departemen Agama.
  2. Melaksanakan training khusus kepegawaian untuk calon-calon karyawan Departemen Agama
  3. Merencanakan pegawai yang tugas belajar/ikatan dinas, bekerjasama dengan Direktorat Perguruan Tinggi dan Pendidikan Agama

Tahun 1969

Akan tetapi kondisi ini tidak berlangsung lama. Pada tahun 1969 dikeluarkan KMA Nomor 114 tahun 1969 tentang struktur organisasi, tugas kewajiban, wewenang, dan tata kerja Departemen Agama pusat, dimana fungsi Pendidikan dan Latihan Pegawai dikembalikan lagi dalam cakupan tugas dan fungsi Biro Kepegawaian.

Perkembangan setelah tahun 1969 ini berkutat pada memberi kejelasan pada tugas dan fungsi Pendidikan dan Latihan Pegawai. Ada beberapa Keputusan Menteri Agama yang berkaitan dengan eksistensi Bagian Pendidikan dan Latihan Pegawai diantaranya adalah KMA Nomor 269 tahun 1970 tentang penyempurnaan KMA No 114 tahun 1969, kemudian sebelum diterbitkannya KMA No. 14 tahun 1972 tentang penangguhan pelaksanaan KMA No 269 tahun 1970, telah diterbitkan KMA No. 43 tahun 1971. Dalam KMA No 43 tahun 1971 ini tugas Pendidikan dan Latihan semakin jelas.

Tahun 1971

KMA Nomor 43 tahun 1971 berlaku sampai dengan dikeluarkannya KMA Nomor 18 tahun 1975 tentang Struktur Organisasi Departemen Agama berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 45 tahun 1975 tentang Susunan Organisasi Departemen. Dalam KMA Nomor 18 tahun 1975 tersebut disebutkan bahwa tugas Pusat Pendidikan dan Latihan Pegawai adalah sebagai pelaksana tugas dibidang pendidikan dan latihan pegawai yang susunan organisasinya adalah sebagai berikut :

  1. Bagian Tata Usaha dan beberapa Sub Bagian
  2. Bidang Bina Program dan beberapa Sub Bidang
  3. Bidang Penyelenggaraan dan beberapa Sub Bidang
  4. Bidang Pengendalian dan Laporan dan beberapa Sub Bidang

Tahun 1975

Selanjutnya di dalam KMA Nomor 18 tahun 1975 (disempurnakan) Bagian LX menjelaskan bahwa apabila dipandang perlu, Menteri Agama dapat membentuk unit-unit pelaksana pendidikan dan latihan dilingkungan Departemen Agama dengan terlebih dahulu mendapat persetujuan tertulis dari menteri yang bertanggung jawab di bidang pendayagunaan aparatur negara.

Dengan pertimbangan volume dan beban kerja dibidang pendidikan dan latihan pegawai semakin meningkat, dengan prinsip sentralisasi perencanaan dan desentralisasi dalam penyelenggaraan pendidikan dan latihan pegawai di lingkungan Departemen Agama maka diusulkan pembentukan Balai Pendidikan dan Latihan di lingkungan Departemen Agama dengan persetujuan Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara dalam suratnya Nomor : B-504/I/MENPAN/3/1981 yang dituangkan dalam Keputusan Menteri Agama KMA No. 45 tahun 1981, maka dibentuklah Balai Pendidikan dan Latihan Pegawai Teknis Keagamaan yang berlokasi di 12 (dua belas) Ibu Kota Provinsi dengan wilayah kerja masing-masing yaitu : Medan, Padang, Palembang, Bandung, Jakarta, Semarang, Surabaya, Banjarmasin, Ujung Pandang, Manado, Ambon dan Denpasar.

Susunan organisasi Balai Pendidikan dan Latihan Pegawai Teknis Keagamaan adalah sebagai berikut :

  1. Sub Bagian Tata Usaha; mempunyai tugas melaksanakan tata usaha dan rumah tangga termasuk perpustakaan, asrama dan laboratorium serta tugas-tugas lainnya yang bersifat pelayanan terhadap pelaksanaan pendidikan dan pelatihan
  2. Seksi Pendidikan dan Latihan Guru Agama; melaksanakan kegiatan pendidikan dan latihan bagi guru-guru agama
  3. Seksi Pendidikan dan Latihan Tenaga Teknis Keagamaan; melaksanakan pendidikan dan latihan bagi pegawai dan tenaga teknis keagamaan lainnya
  4. Staf pengajar

Tahun 2004

Perkembangan selanjutnya, pada tahun 2004 Balai Pendidikan dan Latihan Pegawai Teknis Keagamaan dirubah menjadi Balai Pendidikan dan Pelatihan Keagamaan dengan diterbitkannya Keputusan Menteri Agama Nomor 345 tahun 2004 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Pendidikan dan Pelatihan Keagamaan. KMA ini lahir dalam rangka penataan organisasi Balai Pendidikan dan Pelatihan Keagamaan sesuai perubahan Organisasi dan Tata Kerja Departemen Agama yang tertuang dalam KMA Nomor 1 tahun 2001. Untuk meningkatkan daya guna dan hasil guna pelaksanaan tugas di bidang Pendidikan dan Pelatihan maka KMA Nomor 45 tahun 1981 BAB III disempurnakan.

            Dalam KMA Nomor 345 tahun 2004 dinyatakan bahwa Balai Pendidikan dan Pelatihan Keagamaan (Balai Diklat Keagamaan) adalah Unit Pelaksana Teknis Badan Penelitian Pengembangan Agama dan Pendidikan Pelatihan Keagamaan (Badan Litbang Agama dan Diklat Keagamaan), yang telah diubah menjadi Badan Litbang dan Diklat; berada dibawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Badan Litbang dan Diklat.

Susunan Organisasi Balai Pendidikan dan Pelatihan Keagamaan (Balai Diklat Keagamaan) sesuai dengan KMA Nomor 345 tahun 2004 adalah :

  1. Sub Bagian Tata Usaha; melaksanakan tugas pelayanan dan administrasi bagi satuan kerja di lingkungan Balai Diklat Keagamaan
  2. Seksi Diklat Tenaga Administrasi; mempunyai tugas melakukan penyiapan dan pelaksanaan program, kegiatan akademik, kepesertaan dan sarana diklat structural, diklat kepemimpinan, fungsional dan teknis administrasi
  3. Seksi Diklat Tenaga Teknis Keagamaan; mempunyai tugas melakukan penyiapan dan pelaksanaan program, kegiatan akademik, kepesertaan dan sarana diklat fungsional dan teknis keagamaan.
  4. Kelompok Jabatan Fungsional; mempunyai tugas melakukan kegiatan sesuai bidang keahliannya. Termasuk kedalam kelompok jabatan fungsional ini adalah widyaiswara dan pustakawan.

Tahun 2015

Sedangkan dalam Peraturan Menteri Agama Nomor 59 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Pendidikan dan Pelatihan Keagamaan disebutkan bahwa Balai Pendidikan dan Pelatihan Keagamaan adalah Unit Pelaksana Teknis (UPT) yang berada dibawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Badan Penelitian dan Pengembangan serta Pendidikan dan Pelatihan. Susunan Organisasi Balai Diklat Keagamaan terdiri atas :

  1. Kepala
  2. Subbagian Tata Usaha
  3. Seksi Diklat Tenaga Administrasi
  4. Seksi Diklat Tenaga Teknis Pendidikan dan Keagamaan
  5. Kelompok Jabatan Fungsional

Pembinaan terhadap Balai Diklat Keagamaan dilaksanakan oleh Kepala Badan Litbang dan Diklat, sedangkan layanan teknis terhadap Balai Diklat Keagamaan dilaksanakan oleh Kepala Pusdiklat Tenaga Administrasi dan Kepala Pusdiklat Tenaga Teknis Pendidikan dan Keagamaan sesuai dengan bidang tugasnya masing-masing.